教师病假扣工资是否合法，需看具体情况，并非一概而论。以下分情形分析：
1. 若学校扣除后，病假工资低于当地最低工资标准的80%，则不合法。法律规定病假工资有最低标准限制，学校无权过度克扣。
2. 若学校按劳动合同或合法制度，在不低于当地最低工资标准80%的前提下合理扣除（如按正常工资70%-80%发放，且结果不低于80%），则合法。
3. 若地方对教师病假工资有特殊规定，且学校按地方标准执行（该标准不低于国家最低要求），则扣工资行为合法。
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教师病假扣工资是否合法，法律依据主要是《劳动合同法》及劳动保障规定。
《中华人民共和国劳动合同法》虽未直接规定病假工资具体数额，但明确劳动者患病期间权益受法律保护。国家政策要求，病假期间用人单位应支付病假工资，且不得低于当地最低工资标准的80%。教师作为劳动者，适用此规定。若学校扣除后低于80%，教师有权要求补足差额；若扣除后不低于该标准，且符合合同或校规约定，则合法。
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处理教师病假扣工资问题时，以下特殊情况或影响处理结果：
1. 协商一致调整：若教师与学校在合同中约定高于80%的病假工资比例，或双方书面协议，且协议合法，则优先按约定执行，合法性依约定判断。
2. 地方特殊规定：部分地方对教师病假工资有特殊政策（如2个月内按90%、超过2个月按85%支付，均不低于最低工资），学校需遵循地方规定，这可能改变计算比例和发放标准。
3. 长期病假与合同解除：若教师长期病假超法定医疗期，学校在符合法定条件下可能解除劳动合同。此时，病假工资扣除问题可能与经济补偿等交织，需综合医疗期、解除合法性等多方面考虑。
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教师病假扣工资可能引发法律风险，需注意：
1. 经济损失风险：若学校违法扣除，教师病假收入减少。例如，某地最低工资2000元，80%为1600元，教师正常工资5000元，病假仅发1000元，每月损失600元，病假久则累计损失大。
2. 证据链风险：教师若无法提供有效医疗证明或完整工资记录，难以证明学校扣除违法。如仅持手写病假条，非正规诊断证明，学校可能不认可，维权时难以举证。

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